Le origini dell'Asilo S.Anna risalgono agli anni che precedono l'Unità d'Italia, quando le condizioni di vita a Busto Arsizio erano molto disagiate specialmente per la gente povera.
La signora Elisabetta Pigna Turati, dopo essersi recata ad Oleggio nel 1858 a visitare l'asilo infantile, volle aprirne uno anche a Busto Arsizio, per sottrarre ai pericoli e alle insidie della strada, o alla stessa casa spesso priva della diretta assistenza della madre, impegnata nelle fabbriche, il maggior numero di bambini possibile, per educarli, farli giocare e istruirli. Grazie al notevole appoggio di molti appartenenti alla classe benestante, quali Teresa Laddi, Eligia Candiani, il Cav. Giovanni Pigna, l'Avv. Carlo Travelli e il conte Francesco Turati, si creò una Direzione promotrice che subito formulò un progetto di associazione al fine di fondare l'Asilo Infantile.
La fondazione viene datata il 27 dicembre 1859 con la presentazione e l'approvazione dello Statuto Organico dell'Asilo Infantile di Carità, denominato "S. Anna", in memoria della madre del Conte Francesco Turati, pia donna e grande benefattrice. Tale Statuto ribadiva la distinzione dei soci fondatori e dei soci benefattori i quali avevano uguali diritti e dovevano convocarsi una volta all'anno per il resoconto della Direzione, e affidava, inoltre, al Prevosto la guida educativa e religiosa ed alla assemblea dei Soci la responsabilità dell'attività dell'Istituto. Rimarchevole era che tutti gli offici erano gratuiti.
L'edificio dell'asilo S. Anna fu costruito dopo l'edificazione dell'Oratorio sullo stesso terreno adiacente alla Chiesa di S. Gregorio di proprietà della Fabbriceria di S. Giovanni Battista. Solo nel 1899 quest'ultima cedette gratuitamente la sua proprietà alla Direzione dell'Asilo. Il fabbricato, finito nel 1862 e tutt'ora in funzione, è formato da una sala per la direzione, da un'aula di grandi dimensioni per le ore di scuola unita, da una cucina, da un refettorio e da quattro altre scuole, da un'ampia corte tutta recintata di portici con annesso un piccolo giardino che serviva per la ricreazione.
Nel 1862 persino Giuseppe Garibaldi visitò l'asilo S. Anna e successivamente è da ricordare la visita del principe Umberto di Savoia, poi del Re d'Italia. Nel 50° anno di fondazione l'Asilo ebbe il riconoscimento di Ente Morale e a quell'epoca il numero dei bambini iscritti salì a 340. Per la sua sopravvivenza furono necessarie continue richieste di contributi che arrivarono un po' dappertutto: dalla Cassa Reale, dal Comune, dalla Provincia, da Enti Morali e offerte modeste da parte della popolazione. Dal 1911 al 1969 l'Asilo S. Anna venne seguito nella sua conduzione dalle Suore dell'istituto religioso "Pie Signore di Nazareth" per poi essere sostituite dalle suore Salesiane "Figlie di Maria Ausiliatrice".