Le origini del museo – Il Civico Museo Archeologico di Arsago Seprio fu fondato in seguito agli scavi del 1972, grazie ai quali venne ritrovata una necropoli longobarda consistente in circa 283 tombe.
La struttura odierna è tale ormai dal 1998, anno dell'inaugurazione dopo i lunghi lavori di ampliamento durati una decina d'anni. Il Museo è costituito da una zona all'aperto, in cui sono visibili alcune tombe della necropoli longobarda e diverse aree votive di età romana e da tre sale interne. Questi ambienti ospitano reperti che illustrano la storia locale dalla Cultura di Golasecca (sec. IX – V a.C.) all'Alto Medioevo.
Dal 2004, inoltre il patrimonio museale si è largamente arricchito grazie alla donazione di Giancarlo Politi, un medico con una grande passione per la paleontologia, di circa quattrocento fossili provenienti da tutto il mondo.

La didattica – Gli utenti privilegiati del museo sono i ragazzi della scuola primaria; a loro infatti sono riservate le visite guidate tenute da Cristiano Brandolini, responsabile dei servizi educativi. Il suo impegno consiste nel presentare agli studenti, mediante la visione di una vetrina didattica, le attività che si svolgevano nelle palafitte della Lagozza e della Lagozzetta (Besnate) nel III-II millennio a.C..

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Progetto SiMArch – Da due anni ormai questo museo, insieme a quelli di Varese, Sesto Calende e Angera, è entrato a far parte del SiMArch, il sistema dei musei archeologici della Provincia di Varese; una rete sorta "con lo scopo di favorire lo svolgimento coordinato di funzioni, servizi ed azioni volte alla valorizzazione del patrimonio archeologico dell'area varesina".

I finanziamenti – Anche grazie alle possibilità garantite dal far parte di un progetto comune, le istituzioni museali rinunite nel SiMArch hanno ottenuto, per gli anni 2004-2006, circa 15mila euro annui per la catalogazione in SIRBeC (Sistema Informativo dei Beni Culturali della Regione Lombardia) del patrimonio dei musei associati.

Missione quasi compiuta -"La catalogazione delle opere richieste  dal  SiMArch, inerenti alla Civiltà di Golasecca è praticamente conclusa" assicura Alessandro Mazzucchelli, il catalogatore del museo. "Una volta completato l'apparato fotografico sarà possibile consultare le schede nel sito del sistema archeologico". Per completare invece la catalogazione Sirbec dell'intera collezione, ma fuori dagli obiettivi contingenti del SiMArch, sono pressappoco centocinquanta le schede mancanti, quelle riguardanti la sezione longobarda, su un totale di circa quattrocento opere. In attesa quindi del completamento del catalogo e di novità future, l'appuntamento più vicino è per fine settembre per la Notte dei Musei, per la rievocazione storica con il gruppo Winniler di Ivrea "Arrivano i Longobardi".